Het ISO bestaat uit:
een voorzitter;
een lid en een plaatsvervangend lid op adequaat ambtelijk niveau, aan te wijzen door of vanwege iedere minister;
een lid op adequaat ambtelijk niveau, aan te wijzen door de Permanente Vertegenwoordiging van Nederland bij de Europese Unie;
een lid op adequaat ambtelijk niveau, aan te wijzen door het Interprovinciaal Overleg;
een lid op adequaat ambtelijk niveau, aan te wijzen door de Vereniging van Nederlandse Gemeenten;
een lid op adequaat ambtelijk niveau, aan te wijzen door de Unie van Waterschappen.
een lid aan te wijzen door de Stichting Europa decentraal